Si un virus llenó tu USB con accesos directos, o carpetas ocultas, no te preocupes, (no necesitas formatear tu USB) lo único que hizo el virus fue que cambió toda la estructura de tu memoria.
No pierdas información valiosa. Aquí tienes un pequeño tutorial para recuperar tus archivos que siguen ahí guardados pero escondidos.
Mi primera recomendación es que bajes e instales en tu aplicación un ligero software denominado USB Disk Security que puedes obtener en este enlace:
http://www.zbshareware.com/es/download.html
este software te detecta y elimina las amenazas para evitar que tu PC se infecte de nuevo, aunque no elimina los accesos directos.
Para eliminar los accesos directos y recuperar los archivos insertamos la USB y realizaremos los siguientes pasos:
1.- En el botón de inicio de Windows en ejecutar ponemos cmd, esto nos abrirá el MS Dos.
2.- Ubicamos la unidad donde está inserta la memoria (e:, f:, g:) , etc., suponiendo que esté en la e ponemos en el ms dos la letra E seguida de dos puntos, E: y le damos enter.
Escribimos el siguiente proceso tal cual
Attrib /d /s -r -h -s *.*
(checar los respectivos espacios)
Y le damos enter de nuevo,
Esperamos a que vuelva a aparecer la letra de la unidad y listo, volvemos a revisar nuestra USB, verificamos que estén nuestras carpetas recuperadas y procedemos a borrar todos los archivos que están como accesos directos (con el iconito de acceso directo) y carpetas raras y ya está.
Espero te haya servido.